Sede Encarnación
El Claustro la Encarnación es Monumento Nacional. En sus inicios, fue un monasterio para la educación de mujeres asignado, por un tiempo, a las hermanas de San José de Tarbes (Josefinas) y a las hermanas Salesianas, distinguidas por su labor educativa.
Tras el terremoto del 31 de marzo de 1983, el Colegio Mayor del Cauca quedó sin sede, una situación que llevó a la entonces Gobernadora, Amalia Grueso de Salazar Bucheli, a cumplir la Ordenanza de entregar el claustro la Encarnación al Colegio Mayor aún en ruinas. Esto fue el 11 de agosto de 1983.
Actualmente, el Claustro de la Encarnación es sede de la Facultad de Arte y Diseño y de sus programas de Tecnología en Delineantes de Arquitectura e Ingeniería, Arquitectura, Diseño Visual y la Especialización en Diseño de Ambientes.
Sede Casa Obando
Después del terremoto de Popayán se hizo un excelente trabajo de restauración de la Casa Obando, respetando su arquitectura original y convirtiéndose en una muestra de la arquitectura colonial de las casas de Popayán.
La Casa Obando es sede del curso de extensión de inglés infantil y de adultos, en ella está ubicado un laboratorio de idiomas y un centro de recursos especializados donde los estudiantes aprenden el segundo idioma.
Sede Bicentenario
El edificio Bicentenario de cuatro pisos fue diseñado especialmente para el sector histórico de Popayán, conserva en su fachada la lectura urbana de la ciudad y se encuentra totalmente ajustado a las diferentes normas que regulan las construcciones de este sector de la ciudad.
La obra fue terminada en el primer semestre del año 2010, tiempo en el que se encontraba consolidada la propuesta académica para ofrecer los programas de la Facultad de Ciencias Sociales y de la Administración y la Facultad de Ingeniería.
Sede Norte La Ximena
El 23 de diciembre de 2015, la Institución Universitaria Colegio Mayor del Cauca, UNIMAYOR,recibe, en acto protocolario, las llaves del predio que fue la casa de retiro de las hermanas Bethelemitas.
Hoy la nueva sede, que aún conserva la gran mayoría de sus zonas verdes, se encuentra en ampliación de su estructura física y recibirá a los estudiantes del programa profesional de Arquitectura, de la Tecnología en Delineante de Arquitectura e Ingeniería y del programa de Diseño Visual.